Hlízov patří mezi nejstarší obce na Kutnohorsku a Kolínsku.
Původně se jmenoval Hlídov. Jeho obyvatelé totiž hlídali hranice oldřišské župy proti župě čáslavské.
Již v 11. století vedla kolem Hlízova od Malína stará zemská stezka (dnešní silnice Čáslav – Kolín).
V historických pramenech je doloženo, že roku 1143 byla ves darována nově založenému sedleckému klášteru cisterciáků, jehož vlastnictvím zůstala až do husitských válek.
Ti jej však pronajímali nebo z finančních důvodů dávali do zástavy.
Například v roce 1407 měl Hlízov pronajatý Jan ze Stuhařova a od roku 1417 na následujících šest let byl nájemcem Jan z Malešova.
V období husitských válek byl sedlecký klášter pobořen a císař Zikmund v roce 1436 připsal Hlízov Petrovi z Bydlína, po němž zdědil tento majetek jeho syn Zdeněk z Bydlína.
Dalším majitelem byl Jan Hrabaň z Přerubenic. Po jeho smrti získal Hlízov roku 1500 kutnohorský měšťan Řehoř.
Ten však brzy zemřel a Hlízov připadl dědickým právem jeho manželce Alžbětě.
Ta, když podruhé ovdověla, předala Hlízov poručíkovi Janu Zachovi Chrudimskému a později jeho synovi Jiříkovi Zachovi.
Po Jiříkově smrti zdědily Hlízov rovným dílem jeho tři sestry.
V následujících letech se zde vystřídala řada majitelů, mezi nimiž se často vedly spory o vlastnictví Hlízova.
Až do roku 1547 stála v osadě tvrz, která však nebyla obydlena a začala chátrat.
Po roce 1636 patřil Hlízov císaři Ferdinandu II., který jej v roce 1653 prodal Alžbětě Čejkové, rozené Pagajové.
Výhodná koupě to ale nebyla, protože Hlízov byl zadlužen a stále byl objektem letitých soudných sporů o právoplatné vlastnictví i úhrady pohledávek za nesplněné závazky.
Není tedy divu, že Hlízov získali v krátké době další majitelé, z nichž nejvýznamnějším je Adam Jan Šofman z Hemrlesu, který po Alžbětině smrti získal Hlízov za odhadní cenu 50.000 zlatých.
Šofman byl velice zámožný člověk. Roku 1669 vytvořil nadaci, z níž se přispívalo nejchudším poddaným obce. V té době patřil Hlízov k Šofmanovým statkům spolu s Konárovicemi a Veltruby. Když majetek získala Kateřina Šofmanová, provdaná za pana z Vidersperku, Hlízov se stal opět samostatným panstvím. Ve vsi byl vystavěn pozdně barokní zámeček s hospodářským dvorem.
V roce 1746 zde nechala Anna Šofmanová vystavět kapli zasvěcenou čtrnácti pomocníkům. Hlavní výzdobou zde byl obraz, podepsaný jménem Párantl.
Z toho vznikla nesprávná domněnka, že ho namaloval významný barokní malíř Petr Brandl, který působil v nedaleké Kutné Hoře.
Z východní strany obtéká Hlízov řeka Klejnarka, na níž byl v první polovině 18. století vybudován mlýn. Svému původnímu účelu sloužil ještě na konci 20. století jako mísírna směsí pro hospodářská zvířata.
Z dalších majitelů je nejvýznamnějším hrabě Jan Rudolf Chotek, který v roce 1791 Hlízov odkoupil od kutnohorského měšťana Václava Janovského za 81.000 zlatých stříbra a připojil hlízovské panství k panství novodvorskému. U zámku v té době vznikl pivovar a vinopalna.
V roce 1771 bylo zavedeno číslování domů. Hlízov měl 82 čísel popisných.
Ze zápisů v gruntovních knihách k roku 1792 je patrné, že kromě správců a rychtářů , kteří se uměli alespoň podepsat, nikdo jiný v Hlízově psát neuměl.
V roce 1740 byl vybudován na řece Klejnarce mlýn. Prvním mlynářem se stal Josef Šretr. V roce 1902 koupili tuto nemovitost Kábela a Brynych. Postupně bylo postaveno u příjezdové cesty od Hlízova k mlýnu 15 domů, jejichž obyvatelé se živili zemědělstvím.Od roku 1936 byl mýn ve vlastnictví Václava Mikuláše.
Součástí novodvorského velkostatku zůstal Hlízov i po zrušení roboty v roce 1848.
Po roce 1918 byl z části dvora vytvořen zbytkový statek, jenž později odkoupil ovčárecký akciový cukrovar.
J. R. Chotek dal také roku 1898 vystavět okresní silnici, spojující Hlízov se Svatou Kateřinou.
V roce 1839 žilo v Hlízově 684 obyvatel, z toho 317 mužů a 367 žen.
V roce 1845 se počet obyvatel zvýšil na 727 a v roce 1848 žilo 730 obyvatel v 86 domech.
Rok 1900 přivítalo 844 lidí ve 100 domech.
Číst a psát umělo 347 mužů a 331 žen. Jen číst dokázali 3 muži a 6 žen.
K roku 1910 poklesl počet obyvatel na 773, ale ve vesnici přibyl 1 dům.
Farou patřil Hlízov vždy do Sedlce. Kostel ve vesnici nikdy vybudován nebyl a Hlízovští docházeli ke mším do kostela sv. Petra a Pavla do Malína..
Již od roku 1902 obec žádala o zřízení železniční zastávky na trase Kolín – Kutná Hora.
O pět let později byla trať rozšířena o druhou kolej a od roku 1911 začal vlak v Hlízově konečně zastavovat, a tak značná část obyvatel dojížděla do zaměstnání do Kolína nebo Kutné Hory.
Roku 1914 byla provedena elektrifikace obce.